（1）利益主体不同。工作秘密直接涉及的利益主体是有关国家机关，一旦泄露仅对有关国家机关履行国家赋予的权力和职责等局部利益造成危害；而国家秘密直接涉及的利益主体是国家，一旦泄露会对国家的整体利益造成危害。
　　（2）确定方式不同。工作秘密的确定以各级国家机关自行确定为主，对少数中央国家机关有统一规定或明确授权的，才从其规定；国家秘密的确定必须依法进行，必须在国家保密工作部门会同有关中央国家机关制定和颁发的《国家秘密及其密级具体范围的规定》的范围内操作，不得随意确定。
　　（3）标志不同。属于工作秘密的文件、资料及其他载体，可以以“内部”作标志，不得标上国家秘密的密级标志。
　　（4）管理不同。各级国家机关对工作秘密的管理可以参照国家秘密的管理办法，但不需要按照法定的程序加以规范。例如，传递国家秘密文件、资料或其他物品，必须通过机要邮政，不得通过普通邮政传递；传递工作秘密的文件、资料或其他物品，则没有统一的要求，可以由各机关自行选择。
　　（5）适用的法律不同。对工作秘密加以保护所适用的法律规范是《国家公务员法》，主要以行政手段对工作秘密给予法律保护；而对国家秘密的保护则适用《保密法》，不仅可以   使用行政手段，还可以使用法律手段。
　　（6）责任不同。工作秘密泄露后，有关责任人只承担行政责任，只会受到相应的行政处分；而泄露国家秘密，则要根据可能产生的危害后果及其他情节确定有关责任人应当承担的法律责任。情节轻微、后果不严重的，可以承担行政责任，情节和后果严重的，则要承担刑事责任。
　　总之，由于工作秘密与国家秘密各自涉及的利益主体不同，一旦发生泄露所造成的危害后果在范围和程度上都有很大差别。因此，对工作秘密的保护力度要明显小于对国家秘密的保护力度。其他方面的差别都由此而来。